Kompetisi kasta ketiga sepak bola Indonesia kembali digelar oleh PSSI melalui Divisi II Liga Indonesia 1999-2000. Informasi mengenai kompetisi ini sangat terbatas, namun informasi yang tersedia menunjukkan bahwa format yang digunakan masih sama seperti edisi sebelumnya, yaitu berjenjang mulai dari tingkat daerah hingga tingkat nasional. Meskipun detail jalannya kompetisi tidak banyak diketahui, dapat dipastikan bahwa empat tim berhasil meraih tiket promosi ke Divisi I pada musim berikutnya. Tim-tim tersebut adalah Persik Kediri, Perseman Manokwari, PS Krakatau Steel, dan Persegi Gianyar. Dari keempatnya, Persik Kediri tampil sebagai juara Divisi II Liga Indonesia 1999-2000.
Juara:
🏆 Persik Kediri
Arsip disusun oleh Supriyanto.
Kompilasi Musim 1999-2000
- Divisi Utama Liga Indonesia 1999-2000
- Divisi I Liga Indonesia 2000
- Divisi II Liga Indonesia 1999-2000
Kompetisi Kasta Ketiga
- Sebelumnya: Divisi II Liga Indonesia 1998-1999
- Selanjutnya: Divisi II Liga Indonesia 2001
